Rođen je 1795. u Spoletu od pobožnih roditelja Alojzija i Antonije Merlini. Otac, rođeni Sicilijanac, bio je po zanimanju trgovac i od njega je Merlini naslijedio urednost, točnost, marljivost i sposobnost vodstva – što će ga karakterizirati cijeli život.
Od ranog djetinjstva Merlini je bio jako pobožan i revan u posjećivanju misnih slavlja, a iznad očevog dućana imao je vlastitu malu kapelicu.
Ivanov izbor svećeničkog poziva teško je pogodilo njegova oca, koji je na njega, kao jedinog sina, odlučio prenijeti svoj dućan. Kako Ivan nije htio odustati od svoga poziva, molio je majku da rodi još jedno dijete, i to sina, koji će voditi očev dućan. To se i dogodilo 8. siječnja 1809. i Ivan je onda krenuo u gimnaziju i pripremao se za svećenički poziv.
19. prosinca 1818. zaređen je za svećenika. Već na samom početku bio je revan, a njegova sposobnosti vodstva obećavala je crkvenu karijeru u nekoj od viših crkvenih službi.
Merlini je otišao na duhovne vježbe, ne sluteći da će one donijeti promjenu u njegovu životu. Jedan od voditelja bio je Gašpar del Bufalo, utemeljitelj Misionara Krvi Kristove, koji ga je oduševio svojim djelom – pučkim misijama kao sredstvom za novu evangelizaciju društva. Zadivila ga je i Gašparova velika ljubav i štovanje Krvi Kristove.
No unatoč tomu, Merlini nije odmah bio spreman odgovoriti na Gašparov poziv da postane Misionar Krvi Kristove. Ipak, nakon više Gašparovih poziva, Merlini je stupio u družbu Misionara 15. kolovoza 1820., na žalost svoga oca i drugih poznanika koji su ga vidjeli na visokom mjestu u nekoj crkvenoj službi.
U obostranom prijateljstvu, Gašpar je na Merlinija prenio zanos za misije i podučavao ga sredstvima kojima se može najdjelotvornije privući bijedne grešnike spasenju. Tako je u Merliniju sve više rastao žar za misije i oni zajedno kreću u apostolat.
Putuju u zabačena mjesta pogođena pokretom hajduštva želeći pomoću misija postići promjene i spriječiti odluke vlasti da ta mjesta unište i spale. Gorljivo propovijedaju i nailaze na velika iznenađenja: cijela mjesta su se obraćala, razbojnici su odlučili vratiti se normalnom životu, a ljudi su opraštali jedni drugima i zaboravljali na osvetu.
Vidjevši da Družba mora dobiti neke organizacijske temelje i strukture, Gašpar je odlučio nastaviti s misijama, a Merliniju, zbog njegove sposobnosti organizacije i vodstva, povjerava organizaciju i širenje Družbe, osnivanje i upravljanje novim zajednicama i brigu za nove, mlade Misionare.
1824., dvije godine nakon održanih misija i Gašparova propovijedanja, Misionari otvaraju kuću u Vallecorsi. Marija De Mattias, tada mlada djevojka u traganju za životnim pozivom, odlučuje se na razgovor s Merlinijem. Osjeća da je pozvana na svetost i predanje Bogu, ali i na aktivan apostolat, još uvijek pod dojmom iskustva koje je u njoj probudio susret s velikim apostolom Gašparom. Merlini ju savjetuje da ne žuri odmah u zatvoreni samostan, već da otpočne s vjerskom poukom djevojčica u svome mjestu.
U to vrijeme Gašpar i Merlini već su tragali i pitali se tko bi mogao biti utemeljiteljica ženske grane Družbe koja će širiti slavu božanske Krvi. Merlini se počeo pitati nije li to upravo Marija i nakon razgovora s Gašparom preuzima njezino duhovno vodstvo, podučava ju i tako nadopunjuje njezino slabo teološko znanje kako bi je pripremio za budući apostolat.
Nakon Gašparove smrti njegovi nasljednici u upravljanju Družbom ne podržavaju Mariju kao utemeljiteljicu ženske družbe Krvi Kristove. Merlini nastavlja duhovno pratiti Mariju i u dogovoru s njim ona odlazi u Acuto kako bi otvorila školu, ali i osnovala novu družbu: Klanjateljica Krvi Kristove. Merlini nastavlja u tajnosti pratiti njezin osnutak u Acutu.
Postavši upraviteljem svoje Družbe (1847.) Merlini sad može slobodno preuzeti zajedno s Marijom vodstvo i usmjerenje nove družbe Klanjateljica Krvi Kristove, ali vodeću ulogu u upravljanju prepušta Mariji.
U Papinskoj državi izbili su veliki nemiri za vrijeme revolucije 1848. Bili su to posebno teški trenuci za papinstvo i svećenstvo i rad Misionara bio je znatno onemogućen. Merlini je razborito upravljao Družbom Misionara te strpljivo čekao na sređivanje prilika.
1847., njegovim zalaganjem i posredovanjem Družba Dragocjene Krvi za vječno klanjanje Presvetom Oltarskom Sakramentu iz Steinerberga (Švicarska) pod vodstvom s. Theresie Weber pripojena je Klanjateljicama Krvi Kristove u Italiji. Nakon progona zajednice iz Steineberga u Gurtweil, Merlini je posjetio zajednicu u Gurtweilu. Njegov dolazak učvrstio je veze između ovih dviju grana Klanjateljica.
Dio bogatstva njegove osobe ostavila nam je Marija De Mattias u sačuvanim pismima koja joj je on uputio kao duhovni vođa i upravitelj Družbe, a u to vrijeme i Klanjateljica. Marija je u njemu imala osobitu korist; osim što ju je duhovno pratio, pomagao joj je započeti i razviti jedno novo Božje djelo – Institut Klanjateljica Krvi Kristove.
Merlini se nakon smrti Marije De Mattias (1866.) sve više povlači i prenosi ovlasti vrhovnog generala Misionara Krvi Kristove na svog nasljednika.
Do svoje smrti u Rimu (1873.) radi brižljivo na prikupljanju dokumenata i svjedočanstava za proces beatifikacije Marije De Mattias. Napisao je i njezin kratak životopis, koji su tiskala njegova subraća.